《神医2》延续了第一部的剧情，讲述了主人公林轩在现代医学与传统中医之间不断探索与融合的故事。故事背景设定在当代都市，林轩凭借高超的医术和仁心妙手，帮助患者解决各种疑难杂症，同时揭开隐藏在医学界的阴谋与秘密。

剧情围绕林轩在医院内外的挑战展开，他不仅要面对来自传统医学与现代科学的冲突，还要应对竞争对手的陷害和权力斗争。关键人物包括林轩本人，他聪明坚定且富有同情心；女主角苏怡，一位实力派中医专家，与林轩携手共进；以及反派角色陈建国，一位心机深沉、野心勃勃的医学权威。

《神医2》的高潮部分发生在医院举办的一场国际医学大会上，林轩凭借一项突破性的医疗技术证明了中西医结合的巨大潜力，同时成功揭露了陈建国利用不正当手段牟利的阴谋。结局中，林轩不仅赢得了同行的认可，还推动了医学界的改革，展现了他作为“神医”的真正价值与使命感。